Realmente es muy simple pero necesito dejar la nota por que de manera recurrente lo he necesitado:
$ isql
SQL> CONNECT "[IP_SERVER]/[PUERTO]:[DATABASE_PATH]" user 'USER' password 'PASS';
Ejemplo:
CONNECT "10.10.1.2/3050:C:\bds\mibase.gdb" user 'SYSDBA' password '1234';
Espero te sea de utilidad !
Referencias:
http://wiki.metawerx.net/wiki/HowToSetUpARemoteFireBirdConnection